APAE do Município: são os pais e amigos que atuam no município em que a entidade se localiza, assegurando os direitos dos portadores de deficiência.
Coordenadoria Regional: todas as microrregiões do Brasil estão organizadas em conselhos regionais. A comunidade apaeana de cada região deve ter a programação dos eventos da sua localidade. O coordenador regional é eleito pelas APAEs da microrregião.
Federação das APAEs do Estado: as APAEs estão organizadas em federações em cada estado. Estas entidades são responsáveis pelo trabalho de realização dos direitos dos portadores de deficiência em âmbito estadual; pelos contatos com determinados órgãos estaduais e pela promoção de eventos como olimpíadas, festivais e congressos. Cada coordenador regional é eleito pelas APAEs e faz parte do Conselho de Administração.
Federação Nacional das APAEs: é a entidade responsável pelo direcionamento das atividades do movimento no contexto nacional e lidera a luta pelos direitos dos cidadãos com deficiência no País. Para tanto, estabelece contatos com os órgãos competentes e promove eventos nacionais necessários ao desenvolvimento das atividades da área.
